Erste Beschreibungen des Entlebuchers, noch unter dem Namen "Entlebucherhund", stammen aus der Zeit um 1889 von E. Bauer und waren im "Zentralblatt für Jagd- und Hundeliebhaber" zu lesen. Der Appenzeller und der Entlebucher wurden zunächst überhaupt nicht voneinander unterschieden, was für ihren Verwendungszweck auch zutreffend war. die Aufgabe dieser Hunde bestand darin, tagsüber das Vieh zu treiben und zu hüten und in der Nacht über das Hab und Gut seines Besitzers zu wachen. Der Typ des damaligen Entlebuchers variierte noch sehr, einige waren hochläufig und schlank, somit vom Appenzeller schwer zu unterscheiden. Andere wiederum hatten eher kurze Beine und waren von kräftiger Statur. Charakteristisch für den Entlebucher aber war die "Stummelrute" oder der "Mutzschwanz", wie er von den Bauern genannt wurde. Dadurch unterschied er sich vom Appenzeller (damals oft das einzige Erkennungsmerkmal des Entlebuchers).
Warum wurde die Rute kupiert?
Das kupieren der Ruten war im Mittelalter bis in unser Jahrhundert hinein gängige Praxis und wurde sogar zum Teil im Rassemerkmal vieler Rassehunde als Standard definiert. Es gab z.B. Regionen in denen vom Adel befohlen wurde, den Bauernhunden die Ruten zu kupieren, da kupierte Hunde der damals vorherrschenden, irrigen Meinung nach, nicht mehr wildern würden. Zum anderen wurde bereits im Mittelalter in einigen Gegenden eine sog. Schwanzsteuer erhoben, sodass viele Hundebesitzer ihren Hunden die Ruten einfach abschnitten, um diese nicht zahlen zu müssen. Des Weiteren gab es einen Aberglauben, demnach der Tollwuterreger seinen Sitz in einem Nerv habe, welcher sich in der Rutenspitze befinden würde. Daher könne ein kupierter Hund niemals an der Tollwut erkranken!
Erstmalig wird 1993 die Langrute als erlaubtes Merkmal beim Entlebucher Sennenhund im Standard der Rasse akzeptiert. Seit Juni 1998 ist das kupieren nach dem Tierschutzgesetz in Deutschland nur noch bei medizinischer Indikation erlaubt.

Im Jahre 1913, anlässlich einer Hundeausstellung, wurden von Franz Schertenleib 4 Exemplare dieses kleinen kräftigen Treibhundes Prof. Heim, dem großen Förderer der schweizerischen Sennenhunderassen, vorgestellt. Aufgrund der Richterberichte wurden sie als vierte Sennenhunderasse in das Schweizerische Hundestammbuch (SHSB) eingetragen. Allerdings wurde der erste Standard erst einige Jahre später, nämlich im Jahre 1927 verfasst. . 1924 nahm sich der Schweizer Tierarzt Dr. B. Kobler dieser Rasse an, der dann 1926 den "Schweizerischen Klub für Entlebucher Sennenhunde" gründete. Dr. Kobler und Franz Schertenleib von der Rothöhe waren in der Schweiz unermüdlich auf der Suche nach typischen Entlebuchern. Diesen beiden sowie Prof. Heim haben wir es zu verdanken, dass wir uns heute noch an dieser Hunderasse erfreuen können. Als Stamm-Mutter unserer heutigen Entlebucher gilt "Babeli v.d. Rothöhe", die Dr. Kobler 1926 von F. Schertenleib erhielt, und die dann 5 Welpen zur Welt brachte. Der Vater war einer der letzten typischen Rüden, den man irgendwo in der Schweiz aufgespürt hatte.
Bis nach dem Zweiten Weltkrieg kam der Entlebucher ausschließlich in der Schweiz vor. In den Nachbarländern fasste der er nur sehr langsam Fuß. Auch in Deutschland wurde er erst 1951 bekannt. 1952 wurde die erste, aus der Schweiz importierte Hündin "Blanka vom Wildhof" in das Zuchtbuch des Schweizer Sennenhund Vereins (SSV), gegründet 1923, eingetragen. 1954 gab es den ersten Wurf in Deutschland, im Zwinger "von der Hasensaul", des Dr.Heinrich Klumpp aus Leonberg. Die Zahl der heute in das Zuchtbuch eingetragenen Welpen beträgt jährlich ca. 200 Stück. Auch in unseren Nachbarländern ist der Entlebucher mittlerweile vertreten, vor allem in Österreich, Belgien, den Niederlanden und Dänemark.
Selbst in den Vereinigten Staaten von Amerika erhöht sich die Anzahl der Entlebucher Sennenhunde ständig.